La Contraloría General de la República emitió una alerta sobre la grave situación administrativa y financiera de la Nueva EPS, tras adelantar en julio de 2025 un operativo de policía judicial en la entidad. El organismo de control identificó irregularidades que comprometen anticipos, facturación, contratación, cuentas por pagar y reservas técnicas, con cifras que ponen en riesgo la sostenibilidad del sistema de salud.
Anticipos no legalizados y riesgo de detrimento patrimonial
El informe advierte un incremento desmesurado de anticipos pendientes por legalizar, que pasaron de $3,4 billones en 2023 a $8,6 billones en 2024 (un aumento del 155%). Para junio de 2025, la cifra ya alcanza $15,27 billones, de los cuales $5,7 billones corresponden a recursos girados en 2024 que aún no han sido legalizados.
La Contraloría advirtió que este escenario compromete la liquidez institucional y eleva el riesgo de detrimento patrimonial, especialmente por anticipos superiores a dos años por un valor de $143.000 millones.
Facturación represada y cuentas por pagar en aumento
El organismo encontró 22,7 millones de facturas pendientes de procesar, por un valor de $22,1 billones. De estas, 9,1 millones estaban repetidas, lo que reduce el saldo real a $13,2 billones. El 97% de estas obligaciones aún no ha sido sometido a revisión.
Asimismo, se determinó que 36 prestadores concentran el 40% del valor total pendiente por procesar, equivalente a $5,2 billones, lo que eleva el riesgo fiscal.
En cuanto a cuentas por pagar, al corte de marzo de 2025, la EPS registra compromisos por $21,37 billones, cifra que pone en jaque su estabilidad y la del Sistema General de Seguridad Social en Salud, ya que la Nueva EPS cubre el 22% de la población afiliada.
Deficiencias contractuales y reservas técnicas insuficientes
La Contraloría señaló que la EPS no entregó soportes documentales completos sobre sus contratos, incumpliendo lo establecido en el Decreto 441 de 2022.
Además, evidenció una subestimación de reservas técnicas por $11,1 billones al corte de 2024, sumado a la ausencia de soportes de facturas y autorizaciones.
Posibles responsabilidades fiscales y penales
El organismo concluyó que la entidad enfrenta un deterioro progresivo, pese a la intervención de la Superintendencia Nacional de Salud. La alerta será remitida a la Contraloría Delegada para el Sector Salud, que deberá determinar responsabilidades fiscales, y a las autoridades competentes para definir eventuales consecuencias disciplinarias y penales.
La situación plantea un panorama crítico para la prestación de servicios de salud a millones de afiliados de la Nueva EPS en todo el país.
